有两个结局：1人类补完计划。2真嗣夸过内心屏障
联合国属下的秘密组织SEELE为了使人类进化，开始实行人类补完计划，就是将所有人的灵魂汇集在一起，通过中和每个人的AT力场，使每个人回归LCL之海。
2004年，EVA初号机进行启动试验时发生事故，碇真嗣的母亲碇唯消失，碇源堂开始执行“碇源堂版本的人类补完计划”。2010年，GEHIRN被改建成NERV。
2015年开始，根据SEELE人类补完计划剧本的安排，一种不明巨型生物“使徒”开始在日本登陆，并向NERV总部进攻。NERV组织EVA消灭使徒。碇真嗣被父亲召回驾驶初号机，并结识绫波零等人。在NERV与使徒作战的同时，碇源堂秘密地执行他自己的计划。随着时间推移，碇源堂的计划逐渐被SEELE发现，NERV与SEELE产生了矛盾并不断恶化。这一矛盾在电视版中没有得到解决。在剧场版中，NERV于SEELE的矛盾激化，SEELE讹称NERV企图引发第三次冲击，挑动国联派出军队抹杀NERV，在国联部队占领了NERV后，SEELE发动了人类补完计划。
这部动画片还有另一个结局，被称为是电视版的结局，主要描写一班主角（特别是真嗣）的内心反省。电视版的结局相当清晰：真嗣最终跨越了内心的障碍。不过“补完”最终有没有发生仍然没有讲明。到现时为止，关于《TheEndofEvangelion》（简称《TEOE》）是不是便是电视版25、26集的补充或者替代，以及《TEOE》的真实含义，仍然还许多的争论。
从巨大海洋之内而来。在这个世界，人类的意识无分彼此，所有人的灵魂都栖息于由莉莉斯的血构成的巨大海洋之内。这是SEELE认为人类存在的终极理想形态，亦是该组织执行的人类补完计划的最终目标。
使徒的躯体是由高度集中的光量子按照接近一般物质的方式组成的，其遗传基因与人类非常接近。使徒的外形多样，除了最初发现的人形外，还有鱼形、对称的几何形、蜘蛛形等，甚至还有微生物一样的细胞群。
使徒体内存在着‘核’（通常为红色光球），核被破坏后，就丧失所有活动能力。能够源源不断地产生能量的“S2机关”就在核内。使徒有强大的绝对领域（A.T.力场），能够阻断大部分武器攻击。因此人类开发了能够产生同样强大A.T.力场的EVA与其对抗。
关于使徒之间是否存在关联的问题，一直存在争论，动画中也没有明确解释。在TV版第17话中，美里在接受SEELE人员问话时曾表示“根据以往的模式，已否定使徒之间有组织上的关联”，故可暂认为使徒是独立行动的。
《EVA》讲述的是一个异世界中，人类为了对抗入侵的使徒而研发出人形战斗机器EVA，并展开一系列战斗的故事。故事背景涉及到了这个世界的起源、宗教、人性等复杂的主题，其中包含了“人类补完计划”、碇源渡与SEELE、造人等多条故事线。
故事讲述使徒要毁灭掉人类，而一般武器对使徒毫无作用，并研发出EVA来对抗使徒。
故事世界观——
南极大陆上发生大爆炸。造成南极的冰川融化、地轴扭曲，随之而来的海平面上升、全球气候异常，加上后来引发的战争等因素，导致世界人口减半。随着接连不断的大规模战争结束，各国军队编入联合国军队。此次侵袭人类的大灾难被称为第二次冲击，联合国发表的大灾难原因是“大质量的陨石撞击南极”。
实际上却是为了在其他使徒觉醒之前将第一使徒亚当还原成卵的结果，而秘密组织SEELE凭借其巨大影响力隐瞒了事实真相。SEELE通过死海文书获悉了相关信息，事先采取了一系列措施。使徒拥有强大的A.T.力场（绝对领域）；
一般的武器无法消灭它，为阻止预测中即将来袭的使徒毁灭人类，SEELE在联合国的名义下设立Gehirn开发泛用人型决战兵器-人造人Evangelion（简称：EVA），并且建立起要塞都市·第3新东京市，也是Gehirn总部所在地。Gehirn之后改组为NERV，全力推行人类补完计划。故事发生在2015年，此时第3新东京市接二连三地遭逢使徒的来袭。
扩展资料：
故事剧情——
第二次冲击十五年后的2015年，不明巨型生命体“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。联合国军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。本作主人公碇真嗣被父亲?NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部，最后真嗣半推半就地驾驶着巨大人型兵器EVA初号机与使徒对抗。
在没有受过任何训练的情况下，真嗣在战斗中很快不堪重负，导致初号机暴走，并以残酷野蛮的方式重创使徒，随后使徒自爆。之后真嗣在第3新东京市展开新生活，并在美里的提议下搬到美里家居住。
使徒不断地出现，在迎击使徒的过程中，真嗣结识了学校同学铃原冬二、相田剑介；并与同是驾驶员的绫波丽、明日香联手消灭使徒。EVA3号机在启动试验中被使徒入侵，真嗣顾虑3号机内的驾驶员而不敢攻击，但在碇源堂的命令下真嗣的操纵被强制切断，搭载替代操纵系统的初号机将3号机残忍撕裂并重伤驾驶员铃原冬二。
此次事件使真嗣决定不再驾驶EVA并打算离开第3新东京市。然而新出现的使徒打倒了明日香和绫波丽继而攻进NERV总部，之后真嗣再次乘上初号机，最终觉醒的初号机将使徒吞食。另一方面，碇源堂与SEELE对人类补完计划的分歧显现、关系急剧恶化。
使徒开始尝试与人类接触并发动心理攻击。明日香因使徒的精神攻击而崩溃，绫波丽为消灭使徒选择了自爆。之后失神的明日香被送入病院，绫波是克隆人的事被真嗣得知，同学也已离开，孤独的真嗣遇到了渚薰。
渚薰以第五适格者的身份被SEELE送到NERV接替明日香，出现后不久便成功打破真嗣的心之壁。但渚薰却是最后的使徒，真嗣必须杀死他。虽然渚薰的行动会灭亡人类而且他自己也期望死亡，但真嗣仍陷入深深地自责。
