申玉菲在《三体》中是主人公汪淼的朋友，为日籍华裔物理学家，也是“科学边界”成员，虽然是人类，但是她暗地里也是地球三体的叛军之一。也是通过申玉菲，汪淼才接触到了“科学边界”，了解到三体的秘密。申玉菲是坚定的拯救派，认为解决物理上的三体问题就能够拯救三体和地球，于是她威胁魏成研究三体问题，但后来降临派中的潘寒闯入了申玉菲家中，二人展开枪战，申玉菲因头部和身体中了三枪而死亡。
叶文洁并没有亲眼见过三体人，她只是通过宇宙信号与三体人建立了间接的联系，由于叶文洁经历过的一些事情，她对于地球文明极其失望，于是在得知三体人的存在之后，试图让三体文明来重建地球文明，使地球进入更好的状态。不过在小说的故事中，叶文洁并没有真正见过三体人，她在得知了三体文明的真相后沉默了许久，回到了红岸基地的遗址眺望落日，随后就死去了。
在《三体》中，三体文明拥有高度发达的科技文明，掌握了极为先进的科学技术，三体文明利用先进的技术制造出宇宙闪烁等奇特的现象，试图让汪淼意识到科学边界的“主”有着造物主的能力，让汪淼加入他们，停止他的项目。然而汪淼并没有像他们设想的那样开始迷信科学边界的“主”，也没有崩溃自杀，反而开始试图反抗他们，而三体人的计谋最终也还是败露了。
魔眼文明是《三体》中最强悍的一个文明，它是由三体人创造出来的，三体人在第二次制造智子的时候少减了一个维度，导致其被展开成三维，魔眼文明就诞生于其中，而在这种情况下，魔眼文明分析出了三体环境的劣势，并集合了资源，试图形成反射镜，攻击三体世界。这个行为被三体世界的元首迅速看破，并进行了反击，最终魔眼文明被摧毁，它的出现到消失只有不到4个三体时，有不少人对此感到可惜，他们认为，如果能够给魔眼文明更多的时间，没准能够击败三体文明。
